Allergien zeigen sich vor allem mit Atemwegsproblemen wie Husten, aber auch Bronchialverengungen beim Pferd. Die Pferde bekommen nur sehr schlecht Luft. Das Sekret kann weißlich schaumig oder auch eher fest und beinahe eitrig sein. Schwellungen von Nase und Maulpartie sowie der Augen kommen vor. In schweren Fällen schwellen die Lymphknoten der Ohrspeicheldrüse stark an, sodass das Pferd sichtbare Umfangsvermehrungen am Hals entwickelt. Die Augen von allergischen Pferden tränen oft permanent mit Tränenflüssigkeit oder entwickeln ein klebriges, eher festes Sekret. Die Haut des Pferdes kann bei allergischen Geschehen mit Nesselfieber reagieren. Dabei bilden sich am ganzen Körper oder zumindest großflächig Quaddeln und Pusteln. Im schlechtesten Falle füllen diese sich mit Eiter und brechen wenige Tage nach der Immunreaktion auf. Bei starkem Milbenbefall an den Beinen können diese als allergische Reaktion enorm anschwellen. Hier ist die Abgrenzung zu einer Phlegmone oft besonders schwierig und wird erst sichtbar, wenn die klassische Phlegmone Behandlung durch den Tierarzt keine Wirkung zeigt. 

Haben Pferde Nahrungsmittelallergien, zeigen sich diese durch starke Durchfälle, Kotwasser und Aufgasungen. Es kann aber auch zu Gas- oder Krampfkoliken kommen. Wiederkehrende und therapieresistente Magengeschwüre und Darmentzündungen können gelegentlich schwere Allergien zugeordnet werden. Allerdings benötigt es in diesem Bereich dringend mehr Forschung. Auffällig ist jedoch, dass Pferde mit schweren und immer wieder neu auftretenden Magengeschwüren und Darmentzündungen oft hohe Immunwerte im Blutbild zeigen. Zu den wenig erforschten Erkrankungen des Darmes gehört auch die Autoimmunerkrankung IBD (Irritable Bowel Disease) sowie die bislang nicht ausreichend untersuchte Erkrankung „Colitis X“. Bei schweren Allergien schwitzt das Pferd stark und hat deutlich erhöhte Puls und Atmungswerte. Einzelne Pferde entwickeln Fieber. Die Symptomatik ähnelt der einer Vergiftung.

Die beste Prävention liegt in der Vermeidung der reizenden Stoffe. Allerdings ist dies natürlich nicht immer möglich. Gerade bei Gräser- und Blütenpollenallergien kann eine gewisse Grundbelastung kaum vermieden werden. Trotzdem sollte vor allem das Haltungsumfeld des Pferdes optimiert werden. Dazu gehört die Vermeidung von großen Staubquellen und absolute Stallhygiene, um auch die Belastung mit Schimmelpilzen zu minimieren. Ammoniakdämpfe und Stickoxide sollten vom Pferd ferngehalten werden. Bei Staub-, Milben und Pollenallergie hat sich das Bedampfen des Heus bewährt. Dabei wird das Heu mittels eines professionellen Bedampfungsgerätes auf 100 Grad erhitzt. Bei Pferden mit Sommerekzem ist oft eine Ekzemerdecke unumgänglich, um das Pferde gegen die Bisse der Gnitzen und Kriebelmücken zu schützen. Dazu sollten die Pferde jederzeit die Möglichkeit haben sich in einen dunklen und kühlen Stall zurückzuziehen.

Die Behandlung eines Allergieschubs erfolgt in der Regel über die Vermeidung des Auslösers. Ist es erst einmal zu einem allergischen Geschehen gekommen, hilft nur abwarten bis die Symptome wieder abklingen. In schweren Allergieschüben kann die Gabe eines Kortikosteroids (Cortison) durch den Tierarzt unumgänglich sein. Besonders bei schweren Allergien, die sich durch Probleme in den Atemwegen oder durch massive Schwellungen einzelner Körperteile zeigen, kann ein Einsatz von entsprechenden Medikamenten unumgänglich sein. 

Auch andere Substanzen, die die Immunreaktion verringern, kommen beim Pferd zum Einsatz. Hier ist jedoch Vorsicht geboten: Manche stehen auf der Dopingliste, andere lassen das Pferd müde und lethargisch werden. Daher ist es wichtig sich die Nebenwirkungen dieser Präparate vom Tierarzt genau erklären zu lassen. Bei Sommerekzem kann neben der Ekzemerdecke oft auch eine Waschung der betroffenen Bereiche Linderung verschaffen. 

Eine bekannte und auch vielversprechende Methode der Behandlung ist auch die sogenannte Desensibilisierung oder auch „Spezifische Allergen-Immun-Therapie“ (AIT). Diese wird bei Atemwegs-und Futtermittelallergie eingesetzt. In manchen Fällen auch bei Pollenallergien. Dabei injiziert der Tierarzt wiederkehrend die aufbereiteten allergieauslösenden Substanzen in steigender Konzentration unter die Haut des Pferdes. Dies soll das Immunsystem besonders stimulieren, aber auch eine Art des Gewöhnungseffektes eintreten lassen. Das Immunsystem soll dabei lernen, dass dieser Stoff kein Grund für eine übermäßige Reaktion ist. Die Therapie dauert mindestens sechs Monate. Es kann sein, dass sie im Folgejahr noch einmal wiederholt werden muss. Daher sollte man hier ein wenig Geduld mitbringen und keine schnelle Heilung erwarten.

Darüber hinaus ist eine ausgewogene Ernährung mit allen notwendigen Nährstoffen sehr wichtig. Dabei wird darauf geachtet, dass das Pferd nicht zu viele Kohlenhydrate, aber ausreichend Eiweiß zu sich nimmt. Das hält das Immunsystem fit und gesund. Gerade die Zufuhr der essenziellen und limitierenden Aminosäuren Lysin, Methionin und Threonin muss gesichert sein. Außerdem benötigt das Pferd eine gute Versorgung mit allen Mineralien- und Spurenelementen. 

Bei Pferden mit multiplen Allergien sollte auf Müsli verzichtet werden. Zudem sollte man Einzelfuttermitteln den Vorrang geben. Mischfuttermittel enthalten häufig eine große Anzahl einzelner Komponenten. Für ein gesundes Pferd ist dies ideal, bei einem allergischen Pferd kann dies aber zu Problemen führen. Wenn Pferde auf viele unterschiedliche Stoffe reagieren, steigt bei einem Mischfuttermittel die Chance, dass sich eine weitere Allergie verbirgt und das Pferd auf das Mischfuttermittel eine starke allergische Reaktion entwickelt. Daran ist dann jedoch nicht das Futtermittel schuld, sondern es liegt schlicht an der multifaktoriellen Allergie des Pferdes. Benötigt das Pferd trotzdem Kraftfutter, sollte man es über eine Ausschlussdiät versuchen. Bei sehr allergischen Pferden kann es passieren, dass sie getreidefreie Müslis ebenfalls nicht vertragen, auch wenn diese nur aus getrockneten Gräsern bestehen. Oftmals reichen die Nährstoffgehalte dieser Mischungen auch nicht für alle Pferde aus und es muss etwas Hochwertiges gefüttert werden. Das bedeutet, dass man dem Pferd geringe Mengen an Einzelgetreide wie Hafer oder Dinkel anbietet und über mehrere Tage die Verträglichkeit testet. Mit etwas Glück kann das Pferd neben Heu mit reinem Hafer gefüttert werden. Aber Vorsicht: Gerade bei Allergikern sollte man immer die kleinstmögliche Menge an Kraftfutter einsetzen. 

Ein besonderes Augenmerk ist auch auf die Darmgesundheit zu legen. Viele Allergien können aus einer unentdeckten Darmerkrankung entstehen. Neben hochqualitativem Heu und einem sehr guten Mineralfutter benötigt das Pferd daher eine Zugabe der Vitamine E und C, aber auch der gesamten Gruppe der B-Vitamine.