Es gibt bis heute keine Heilung des echten Sommerekzems beim Pferd. Daher liegt die Hauptbehandlung im Schutz des Pferdes durch Ekzemerdecken sowie insektenabwehrende Substanzen wie Fliegensprays und der Pflege der betroffenen und juckenden Stellen mit juckreizlindernden Salben und Cremes. Die Ekzemerdecken sollten regelmäßig gewaschen werden, um Milben, Haarlingen und Pilzen keinen Lebensraum zu bieten. Auch das Kühlen der betroffenen Regionen kann es dem Pferd mit Sommerekzem angenehmer machen. Bei besonders extremen Fällen werden Kortikosteroide, Antibiotika und Antihistaminika sowie eine Impfung gegen Pilzinfektionen zur Behandlung des Sommerekzems beim Pferd eingesetzt. Die Pilzimpfung und auch die Eigenbluttherapie zeigt bei vielen Pferden positive Effekte.
Der Weidegang sollte vor allem zu Zeiten stattfinden, wo wenig Insektenflug herrscht. Zum Beispiel bei Regen, starkem Wind oder in großer Trockenheit. Pferde, die unter Sommerekzem leiden, brauchen besonderen Schutz, da der starke Juckreiz oft großen Stress bei den Pferden auslöst. Dieser Stress darf nicht unterschätzt werden. Auffallend viele Pferde mit Sommerekzem entwickeln Magengeschwüre und Stresskoliken, wenn sie keinen Schutz gegen die Insekten finden. Immer wieder wird auch von Einzelfällen berichtet in denen Pferde in Panik geraten und sich selbst und andere verletzen. Unter dem Sattel finden diese Pferde auch oft keine Ruhe. Vor allem im Gelände kann dies zu Unfällen führen, wenn das Pferd zu bocken oder durchzugehen beginnt.
Permanenter Stress kann das Immunsystem stark überfordern, was infolgedessen dazu führen kann, dass weitere Allergien und Erkrankungen entstehen können. Der Faktor Stress sollte bei einem Pferd mit Sommerekzem daher nie unterschätzt werden. Das Sommerezkem wird häufig mit verschiedenen Erkrankungen verwechselt. So kann ein Milben- und Haarlingsbefall ähnlichen Juckreiz hervorrufen. Auch eine Pilzinfektion kann zunächst wie ein Sommerekzem beim Pferd aussehen. Gelegentlich wird auch das Frühstadium von Dermatophylose (Regenekzem) mit dem Sommerekzem beim Pferd verwechselt. Dabei handelt es sich jedoch um eine bakterielle Hautinfektion, die ebenfalls sofort behandelt werden muss. Pferde mit starkem Übergewicht und Pferde, die am Equinen Metabolischen Syndrom (EMS) leiden, jucken sich ebenfalls vermehrt am Mähnenkamm. Auch Pferde, die temporär viel zu hohe Zuckermengen (zum Beispiel durch frühes Anweiden im April) aufnehmen, können ekzemartige Erscheinungen entwickeln. Auch Nahrungsmittelallergien, z.B. auf einzelne Komponenten in Mischfuttermitteln, können den Juckreiz auslösen. Auch Vergiftungen und schwere Belastungen der Leber und Niere, zum Beispiel durch viel zu hohe Eiweißmengen oder Giftpflanzen, können ein temporäres Ekzem auslösen.
Leiden Pferde unter deutlichen Nahrungsmängeln wie zum Beispiel ein Mangel an Vitamin E, den B-Vitaminen, Zink, Kupfer und Mangan, können sich ebenfalls ekzemartige Erscheinungen einstellen. Auch eine Selenvergiftung kann kurzfristig wie ein Sommerekzem beim Pferd aussehen, bevor die schwereren Vergiftungsanzeichen zutage treten. Daher sollte der Besitzer bei plötzlich einsetzendem Sommerekzem beim Pferd direkt die Ration überprüfen und ein Blutbild sowie einen Allergietest anfertigen lassen. Auch die Untersuchung auf Parasiten, Pilze und Bakterien sollte zeitnah erfolgen.
Die Behandlung des Sommerekzems beim Pferd muss dauerhaft gewährleistet sein. Wenn der Mähnenkamm, die Schweifrübe oder die Bauchnaht erst einmal offen und blutig sind, gestaltet sich die Heilung als schwierig und aufwendig. Daher ist das Sommerekzem beim Pferd eine „Ganzjahres-Allergie“, auch wenn sie vor allem im Sommer sichtbar ist. Pferdebesitzer sollten also bereits im Winter planen, wie das Pferd geschützt werden kann, der Weidegang organisiert ist und welche Mittel und Futtermittel am besten funktionieren. Der Winter muss für die Deckenreparatur und für Passformkorrekturen genutzt werden sowie für die Planung des Einsatzes der Insektenabwehrmittel, Lotionen und Shampoos und weiterer Hautpflegeartikel.